石河子大学2007年开办MBA教育项目。MBA培养工作，由石河子大学MBA教育中心具体组织实施。作为一种实务型、综合性、应用性专业硕士学位教育，石河子大学积极依托北京大学光华管理学院和石河子大学雄厚的教学与科研力量，整合相关学院的优势资源，组建了一支经验丰富的教师队伍，其中MBA多门核心课程由北京大学光华管理学源教授担纲。目前，石河子大学MBA教育中心设立了涉农企业管理、金融与财务、市场营销、中亚经济与贸易、企业战略管理5个优势专业方向。